區別變態莖和根可以從它們的形態、結構和功能的不同入手，變態根的表皮有根毛，沒有氣孔，而變態莖的表皮沒有根毛，但是有氣孔。變態根中有內皮層，而莖中沒有內皮層。變態莖和根的初生木質部與初生韌皮分別是并列排列和相間排列的。

區別變態莖和根的方法

1、形態不同

區別變態莖和根可以從他們形態的不同入手，變態根的表皮是有根毛的，但是沒有氣孔，而變態莖的表皮沒有根毛，但是往往具有氣孔。所以在區分變態莖和根的時候，可以先觀察其外部形態，以這個明顯的差別作為區別。

2、結構不同

變態根中具有內皮層，內皮層的細胞有凱氏帶，維管柱有中柱鞘，而大多數的雙子葉植物莖中沒有顯著的內皮層，也沒有凱氏帶。根中的初生木質部和初生韌皮都相間排列，各自成束，相比之下莖中的初生木質部與初生韌皮部內外并列排列。

3、功能不同

馬鈴薯符合變態莖的結構，紅薯符合變態根的結構，他們的功能是由不同的環境決定的，可以直觀的從馬鈴薯上看到葉芽，可以從紅薯上面看到呈須狀物的側根。所以除了他們形態、結構上的不同之外。還可以根據周圍環境和功能的不同作為判斷依據。