萱草葉基生成叢，枝葉披針形，背面顏色為粉白色。百合基葉互生，形為披針形至橢圓狀披針形，葉脈弧形。萱草圓錐花序頂生，花朵比較小。百合花序單生于莖頂，花朵比較大。萱草在中國有八種，百合在中國有46種和18個變種。

一、枝葉不同

萱草葉基生成叢，枝葉披針形，長為30-60厘米，寬為2.5厘米，背面顏色為粉白色。百合株高為70-150厘米，莖比較直立，葉片總數可多于100張，基葉互生，形為披針形至橢圓狀披針形，葉脈弧形。

二、花序不同

萱草圓錐花序頂生，花梗長約1厘米，花長7～12厘米，花被基部長2.5厘米，花被6片，花柱細長。百合花比較大，顏色大多為白色，花序單生于莖頂，花期時間在7月。

三、品種不同

萱草在中國有八種，例如有黃花萱草、大苞萱草、童氏萱草、秋紅萱草等。而百合在中國有46種和18個變種，例如有卷丹百合、美麗百合、山丹百合、麝香百合等。

四、價值不同

萱草不可直接食用，但具有一定藥用價值，具有清熱利尿，涼血止血功效。另外其葉子能用來監測環境是否受到氟污染。百合可進行食用，含有豐富營養物質，能起到鎮咳祛痰、滋陰潤肺作用。